Faktör V Leiden kişilerinin tedavisi klinik koşullara bağlıdır. DVT ya da PE geçiren Faktör V Leiden kişileri genellikle kan sulandırıcılar ya da antikoagülanlarla tedavi edilir. Heparin gibi antikoagülanlar kişinin durumuna bağlı olarak değişik sürelerde verilir.

Faktör V Leiden kişilerinin ek risk faktörleri olmaması halinde, yalnızca bir DVT ya da PE geçirdiklerinde yaşam boyu antikoagülanlar ile tedavi edilmesi genellikle önerilmez. Geçmişte bir DVT ya da PE geçirmek kişinin gelecekte bir başkasını geçirme riskini artırır fakat Faktör V Leiden mutasyonuna sahip olmak ikinci bir pıhtı riskini ek olarak artırmamaktadır.

Genel olarak, Faktör V Leiden mutasyonu olan fakat kan pıhtısı durumu geliştirmemiş kişiler rutin olarak bir antikoagülan ile tedavi edilmez. Bunun yerine bu kişilere gelecekte bir pıhtı geliştirme riskine eklenebilecek diğer faktörlerin azaltılması ya da yok edilmesi için danışmanlık verilir. Ek olarak, bu kişilerin büyük ameliyat gibi özellikle yüksek riskli dönemlerde bir antikoagülan ile geçici olarak tedavi edilmeleri gerekebilir.
 

Faktör V Leiden gebelik sırasında bir DVT gelişme riskini yaklaşık yedi kat artırır. Faktör V Leiden mutasyonu olan ve gebelik planlayan kadınlar bunu kadın ve doğum hastalıkları uzmanları ve/veya hematologları ile görüşmelidir. Faktör V Leiden mutasyonu olan kadınların çoğu normal gebelik geçirirler ve yalnızca gebelik sırasında yakından izlenmeleri gerekir. DVT ya da PE öyküsü olanlar için, sonraki gebelik sırasında bir antikoagülan ile uygulanan tedavi tekrarlayan sorunları önleyebilir.
 

Faktör V Leiden, en yaygın görülen kalıtsal trombofili biçimidir. Bir kan damarında pıhtı gelişmesi riski kişinin Faktör V Leiden mutasyonunun bir ya da iki kopyasını taşımasına bağlıdır.

Bir ebeveynden bir kopya mutasyon almış olmak pıhtı geliştirme riskini 4-8 kat artırır. Her bir ebeveynden birer kopya mutasyon almış olmak kişide bu tip bir kan pıhtısı geliştirmeye ilişkin genel riski 80 kata kat artırabilir.
 
Anormal kan pıhtısı geliştirme riskinin genel popülasyonda ortalama 1/1000 olduğu düşünüldüğünde, bir kopya Faktör V Leiden mutasyonu bu riski 1/125 – 1/250 oranına çıkarır.